در سطح ملی، امور جامعۀ بهائی توسط محفل روحانی ملی اداره میشود. این جمع یک شورای انتخابی ۹ نفره است که مسئولیت هدایت، هماهنگی و تحرک بخشیدن به فعالیتهای محفلهای روحانی محلی و اعضای جامعۀ بهائی هر کشور را بر عهده دارد.
حضرت شوقی افندی، در نامهای که از جانب ایشان نوشته شده است کارکرد محفل روحانی ملی را به قلبی سالم تشبیه مینمایند که با ضربان خود «عشق معنوی، نیرو و تشویق»۱ (ترجمه) برای تمامی اعضای جامعه فراهم میآورد. ایشان همچنین تأکید میکنند که اعضای محفلهای روحانی باید «به کلی خواستهها و امیال خود و علایق و تمایلات شخصی خویش را نادیده گرفته، فکر خود را صرف اموری نمایند که خیر و صلاح جامعه بهائی را در بر دارد و مصالح عمومی را ترویج مینماید»۲(ترجمه). «در نهایت تواضع» به وظایف خود پردازند و «با سعۀ صدر، حس عدالت و انجام وظیفه، خلوص، افتادگی، پایبندی کامل به رفاه و منافع احبا و امر الهی و بشریت بکوشند.» ۳ (ترجمه)جهت بخشیدن به منابع مالی جامعه، ترویج رشد و تحرک و سرزندگی جامعۀ بهائی در سطح ملی، سرپرستی امور جامعه از جمله نظارت بر فعالیتهای توسعۀ اجتماعی و اقتصادی و همچنین داراییهای آن، نظارت بر روابط جامعه با دولت، رسیدگی به سوالات افراد و محافل روحانی محلی و تقویت مشارکت جامعۀ بهائی در حیات اجتماع در سطح ملی از مسئولیتهای محفل روحانی ملی است. محفلهای روحانی ملی در تمامی حیطههای کاری خود، از حکمت و تجربۀ اعضای هیئتهای مشاورین که راهنما و یاور آنها هستند بهرهمند میشوند.
اعضای محفلهای روحانی ملی هر پنج سال یک بار به طور مستقیم مسئولیت انتخاب بیت العدل اعظم را به عهده دارند. محفل روحانی ملی، خود، سالانه از طریق شیوۀ معمول انتخابات بهائی تعیین میگردد: هیچ گونه تعیین نامزد انتخاباتی مجاز نیست، برگزاری کارزارهای انتخاباتی ممنوع است، رأیگیری توسط برگۀ رأی صورت میگیرد و هیچ کس رأی خود را فاش نمیسازد، رأی دهندگان شخصیت اخلاقی و توانایی عملی افراد را برای خدمت در نظر میگیرند و در نهایت زنان و مردانی که بالاترین تعداد رأی را دریافت نمایند انتخاب میشوند. در حالی که محفل روحانی محلی توسط همۀ اعضای بزرگسال هر جامعۀ محلی بهائی انتخاب میشود، محفل روحانی ملی توسط نمایندگانی انتخاب میگردد که خود ابتدا در انجمن شور ناحیهای یا منطقهای انتخاب شدهاند. هر سال، این نمایندگان در انجمن شور ملی گرد هم میآیند، دربارۀ پیشرفت جامعۀ بهائی مشورت میکنند، به تبادل آرا میپردازند و با رأی خود محفل روحانی ملی را انتخاب مینمایند.
در برخی کشورها، محفل روحانی ملی بخش مشخصی از وظایف خود را به شوراهای منطقهای بهائی که مسئول ناحیۀ جغرافیایی مشخصی در کشور مزبور هستند محول مینماید. وظایف شورای منطقهای میتواند شامل اجرای سیاستهای محفل روحانی ملی، نظارت بر پیشرفت برنامهها و پروژههای مشخص و اقدام برای تحرّک بخشیدن و هماهنگسازی رشد جامعۀ بهائی در آن منطقه باشد.